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目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
甲醇作为外碳源具有运行费用低和污泥产量小的优势，在甲醇碳源不足时，存在亚硝酸盐积累的现象。以甲醇为碳源时的反硝化速率比以葡萄糖为碳源时快3倍，其 碳氮比（COD：氨氮）为 2.8～3.2 。
但甲醇作为外加碳源时，有以下3点问题需关注：
甲醇易燃，为甲类危化品，储存和使用均有严格要求。特别是其储存需报当地公安部门备案审批，手续繁琐。
碳源在当下的工业生产当中应用非常广泛。糖类是较好的碳源,尤其是单糖(葡萄糖,果糖),双糖(蔗糖,麦芽糖,乳糖),绝大多数微生物都能利用.此外,简单的有机酸,氨基酸,醇,醛,酚等含碳化合物也能被许多微生物利用。
所以我们在制作培养基时常加入葡萄糖,蔗糖作为碳源.淀粉,果胶,纤维素等,这些有机物质在细胞内分解代谢提供小分子碳架外,还产生能量供合成代谢需要的能量,所以部分碳源物质既是碳源物质,同时又是能源物质。
在微生物发酵工业中,常根据不同微生物的需要,利用各种农副产品如玉米粉,米糠,麦麸,马铃薯,甘薯以及各种野生植物的淀粉,作为微生物生产廉价的碳源.这类碳源往往包含了几种营养要素。
复合碳源过促进聚磷菌和反硝化聚磷菌在厌氧、好氧交替状态下迅速生长, 使其好氧吸磷量大大超过厌氧释磷量, 即增强微生物对磷的内吸收, 并在好氧末端通过对富磷污泥的排放, 达到除磷的效果。
反硝化菌是属于异养型兼性厌氧菌, 在缺氧的条件下以 NOx-N 电子受体, 以有机物为电子供体, 反硝化菌利用碳源将亚硝酸盐氨, 硝酸盐氮还原成气态氨(N2). 复合碳源作为有机物为电子供本, 可有效的给反硝化菌提供能量, 加强反硝化反应进行脱氮。
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