工程预算对分包工程进行全过程跟踪审计是提高分包工程内审质量的主要途径。本文主要通过对分包工程审计质量要素的分析，从内部审计的可操作性和务实角度，提出了在分包工程审计思路和方法，对分包工程内审质量的提高进行了探讨。分包工程作为总承包工程的一个重要组成部分，对分包工程进行全过程跟踪审计主要是以合同为主线，通过事前参与、事中监督、事后评价的全过程跟踪，抓住招标竞价、合同签约、现场变更、材料供应、竣工结算等重点审计要素，实现对分包工程的全过程跟踪审计。
履约保函的作用是保证承包商能按合同规定承担工程的实施和完成及其缺陷修复的银行担保，其有效期至业主向承包商颁发交工之日。工程预算承包商应按在规定的期限内向业主提交履约保函，未提交之前不得对其计量。动员预付款保函的作用是对业主支付给承包商用于开工前准备工作启动资金的银行担保，按工程进度以一定比例分期从各月的中期支付中扣回。其有效期至全部扣回之日起失效。承包商应按在规定的期限内向业主提交动员预付款保函，未提交之前不得支付动员预付款。
工程预算审计是一项科学性、专业性、基础性和实践性较强的系统管理工作。文章总结了工程预算审计方法的经验，为审计工作人员在工程审计过程中提高审计效率和审计报告的准确性，提出了自己的一些见解和建议现代审计是一个搜集和储备信息、并在大量的信息中分析寻找与审计目标相关的有价值的信息，即审计找线索和方法的过程。只有寻找到有价值的线索和方法，才能进一步揭示与查处重大违法违纪问题。工程预算审计是一项科学性、专业性、基础性和实践性较强的系统管理工作。因此，审计人员应不断研究审计方法，注意发现审计线索。
工程预算利用工程定额规定的工作内容进行审查，验证工程决算工程量与定额中规定的工作内容是否一致来确定工程预算的真实性、合理性的一种审计技术方法。如某年我们对某单位一基建项目进行审计，从决算书中查出屋面防水工程子目中SBS防水以包含冷底子油的工作内容及其造价，施工单位报送的决算书中又单独计算冷底子油子目明显多计工程；由于SBS防水卷材铺贴时使用的是热熔法（北方），不需要在做沥青胶泥粘贴，甲方签证4mm的沥青胶泥不属实，SBS防水卷材在制造工艺中已含该部分内容，该建设项目工程决算重复工作内容报价、甲方违背原则不负责任签证工程预算核减10.6万元。