对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。
工程预算进度计划的编制依据包括：
(1)经过审批的建筑总平面图及单位工程的全套施工图及地质及地形图、工艺设计 图、设备及基础图、采用的各种标准图等图纸及技术资料。
(2)施工组织总设计对本单位工程的要求及施工总进度计划。
(3)要求的施工工期及开、竣工时间。工程准备阶段文件（由建设单位按项目立卷包括24项文件材料）：1、立项申请报告及批复；2、可行性研究报告及批复；3、环境影响报告书或环境影响报告表或环境影响登记表；4、固定资产投资项目年度计划；5、建设用地批准书；6、国有土地使用证及附图；7、拆迁补偿安置协议；8、建设用地规划许可证及附图；
工程预算如果是预算结算承包，审计的重点是核查乙方提出的设计变更资料是不是通过了原来设计部门的同意或是经过了甲方的签证，这里的重大设计变更有没有计划或者是主管部门的审批手续，变更工程量的计算是不是真实，套用定额与单价是不是合适且准确，设计变更的增减是不是同步，有没有巧立名目、自行定价、搭车收费的现象。预算加系数或是平方米等价已经承包，审计的重点原则上已经把预算的变动，加价系数等算在内，因此不应该再零星项目变动经济洽谈。如果是招标承包，审计的重点是结算应该按中标合同的标价执行，当然遇到特殊复杂工程可以调价，也要有补充的合同，否则就不应该在 的结算关头再另行加价。
工程预算增加工程是“猫腻”较多的地方，究其原因，主要是设计单位设计深度不够，建设单位责任心不强。有些承包商在“低价中标法”中不计成本得到工程后，为了弥补损失，千方百计增加工程签证，在利益诱惑下，某些项目管理者乱签证、补签证现象严重 ，审计人员一旦认真复核，通常会发现签证工程量与实际出入较大。安装、装饰及园林工程结算取定的材料单价和市场行情出入很大，有的甚至“偷梁换柱”。例如某国产灯具安装材料套用进口材料价格，工地现场的名贵树种规格和结算书的规格大相径庭，通过现场勘查取证 ，工程预算水分被大大挤压出来。