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碳源-玉米淀粉及其水解液是抗生素、氨基酸、核昔酸、酶制剂等发酵中常用的碳源。马铃薯、小麦、燕麦淀粉等用于有机酸、醇等生产中。液化淀粉可被微生物产生的胞外淀粉酶和糖化酶逐步分解成葡萄糖，被菌体吸收利用。 根据微生物利用碳源速度的快慢，可将碳源分为速效碳源（readily metabolized carbon source），如葡萄糖、燕糖；迟效碳源（gradually metabolized carbon source），如乳糖、淀粉。葡萄糖等易被菌体迅速利用的糖类对许多产物合成有反馈调节作用，应注意控制其浓度，或与被菌体缓慢利用的多糖组成混合碳源，有利于目标产物的合成。如青霉素发酵中，葡萄糖能阻過青霉素的合成，而乳糖对青霉素的合成几乎无阻過作用。如果采用成本较低的葡萄糖作为青霉素合成的碳源，需采用流加等控制方式。
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碳源 复合碳源是一种棕色的液体，没有刺激性气味，液体呈弱酸性，结构组分为小分子结构的有机酸和醇类糖类以及其他。以目前的产品结构来看，可以替代对传统甲醇、乙酸铵等的依赖，降低了使用的成本，产品的使用范围更大，可以更广泛的应用于各种城市用水处理、工业污废水处理，和传统同类产品相比提高了污水的反硝化能力，提高了污水处理效率、提高了污水处理质量，对水体的除磷效果很好，目前在水处理行业多用于缺氧池、反硝化过滤等区域，同时可以为厌氧反应器提供充足的碳源保障。 复合碳源作为一种新型的生物碳源，可以促进水处理的反硝化脱氮效果、增强异样菌群的繁殖能力，很大程度上提高了污水氮去除效果。复合碳源的生物利用率高，可以让异样菌群快速繁殖，加快了污水处理效率。
碳源--糖类糖类外加碳源中，以面粉、蔗糖、葡萄糖为主，由于葡萄糖是简单的糖，所以目前研究比较多。当碳源充足时，以葡萄糖为碳源的 碳氮比较甲醇为碳源时高得多，为 6∶1～7∶1。碳源对硝氮的比还原速率几乎没有影响，但是对亚硝氮的比积累速率影响较大，在研究中发现只有葡萄糖作为外加碳源时对亚硝氮的比累积速率没有影响。以葡萄糖为代表的糖类物质作为外加碳源使得脱氮效果良好，可是，糖类作为多分子化合物，容易引起细菌的大量繁殖，导致污泥膨胀，增加出水中COD的值，影响出水水质，同时，与醇类碳源相比，糖类物质更容易产生亚硝态氮积累的现象。但其弊端有二点：①需要现场配置成溶液，劳动强度大，投加精准性差，大型污水处理厂无法使用。②工业葡萄糖含杂质多，食品葡萄糖价格贵。
