工程预算由于工程建设涉及面广和其本身所具有的复杂性，在其建设过程中，不可避免地发生设计变更、材料设备变更等多种引起工程预算变化的情况。对于采取中标价从签证作为结算方式的工程，更应注意增减费用的审查。应注意设计变更的审查。设计变更单是设计单位在施工中发现需要变更的部位，或是由于建设单位需要改变使用功能、装修标准等而发出的变更通知单。它应是由设计单位、建设单位、施工单位、监理单位协商后共用签署的。审查设计变更时，一要应查验手续是否完备；二要判定该项变更是否引起经济利益上的增减变动，因为有的变更只是技术变更，并不引起经济变更。还要注意查阅竣工图，因为对于工程量增加而引起费用增加的项目。
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。
工程预算以竣工图纸为依据，审定工程预算的一种方法。基建工程决算审计，必须认真仔细地看清所有的竣工图纸，才能准确无误地计算审定工程预算的真实性。要求审计人员必须熟练掌握所有的建施图、结施图、水暖电平面图、系统图；不仅要将每一张图纸看懂吃透，而且要将所有的图纸综合分析。结合工程竣工资料、设计变更及相应的工程签证，综合会诊才能发现问题、揭露问题。看图法是基建工程决算审计基本、普遍、直观、常用的方法，它贯穿基建工程决算审计的全过程。
工程变更是指在因设计文件或技术规范修改而引起的合同变更，具体来说是指设计变更、施工条件变更、进度计划变更以及原招标文件和工程量清单中未包括的“新增工程”等。设计变更是工程变更中典型的一种，是工程施工过程中为保证设计和施工质量、纠正设计错误以及为了满足现场施工环境条件变化而进行的设计修改完善工作，一般由设计单位提出并出具设计变更通知单。设计变更产生的原因主要有由于设计单位本身的疏忽或对设计规范、工程的使用功能等没有完全理解而造成的设计不合理或遗漏。例如，锦州工程预算在建筑室外工程中没有考虑地基沉降的严重性，只是要求对回填土夯实，有经验的承包商预计在雨水冲刷的情况下，地基沉降会造成建筑入口、室外平台等处混凝土开裂，建议增加配筋，经设计单位核实后出具设计变更通知单。由于市场行情变化或不可预见的地质、天气、环境变化导致原施工图中的材料、结构尺寸或工程做法不能实施，经设计单位核实后出具设计变更通知单。
