分包工程竣工结算审计是分包工程全过程跟踪审计的第三步，是对分包工程预算的终确定。分包工程预算的合理性和准确性，直接体现着分包工程的审计质量和审计成果严格复核结算工程量。对结算工程量要严格审查和准确计算，将工程量的计算及变更签证的确认作为审计重点，注意工程量的重复和多计，增强对虚假变更签证的辨别力。工程量的确定要依据施工图和业主或建设单位签发的公务通知单、设计部门的设计变更单。尤其对现场变更工程量的确认，严防只计增不计减，要把握住“在一般情况下，有增必有减”的原则，如果有增无减，就要查明原因。对野外偏僻的施工签证，要有现场各级人员的签认，否决“一言堂”签证。
预算审核人员若能经常深入施工现场，就可以及时了解情况，如土方的类别鉴定，机械土方与人工土方的放坡系数和所套用的定额单价问题等，并能实事求是地调整原编预算。对于一些没有施工图或图纸不全的小型零星工程，验收时应进行测量，审核人员应深入施工现场参加测量，以取得调整或审核工程预算的依据，从而提高审核工作的质量。审核人员遇到工程有中有补充单价时，应深入现场，了解所提资料的准确性如资料中所提主要材料的名称、规格、型号是否相符，所需的数量是否基本一致，所需人工工日或机械台班数量是否属实等，都应与施工企业人员一起研究，调整补充单价。在某些工程预算中，列有施工图没有表示的那部分工程项目，例如渣土清理、渣木外运等，是否按定额要求或预算中列出的项目完成。通过参加竣工验收，能够了解这些情况，同时还能了解工程情况。预算审核人员，若能经常深入施工现场，对于了解并熟悉施工过程，了解并熟悉建筑安装工程新材料、新结构、新技术、新工艺等，都有一定的作用，甚至是决定性的作用。
工程预算审计是一项科学性、专业性、基础性和实践性较强的系统管理工作。文章总结了工程预算审计方法的经验，为审计工作人员在工程审计过程中提高审计效率和审计报告的准确性，提出了自己的一些见解和建议现代审计是一个搜集和储备信息、并在大量的信息中分析寻找与审计目标相关的有价值的信息，即审计找线索和方法的过程。只有寻找到有价值的线索和方法，才能进一步揭示与查处重大违法违纪问题。工程预算审计是一项科学性、专业性、基础性和实践性较强的系统管理工作。因此，审计人员应不断研究审计方法，注意发现审计线索。
承包工程合同签定不规范，工程结算计价难以确定。工程预算在审计过程中发现，建设、施工双方承包工程合同签订不规范。在签订合同时不按投标文件的内容逐一填写，尤其是建筑规模和中标价，存在少填或者不填的现象，给工程计价取费留下活口，目的是为了竣工后高报工程结算价格打下伏笔，使得原本十分严肃的合同失去约束作用，建设单位失去了对施工单位工程报价的有效监督，容易造成决算价格偏高。同时，给工程结算造价审核带来难度和风险。